Murat Karamese, Kafkas University, Faculty of Medicine Department of Medical Microbiology 36100, Kars, Turkey e-mail: murat_karamese@hotmail.com                                            

Retrospective Evaluation of the Frequency of Respiratory Pathogens in Patients Admitted to Kafkas University Medical Faculty Hospital                         

Abstract

Objectives: This retrospective study was aimed to identify upper respiratory tract infection (URTI) pathogens in patients admitted to Kafkas University Medical Faculty Hospital between July 2023 and August 2024.

Methods: Nasopharyngeal swab samples from 1565 patients were analysed using the Multiplex Real-Time PCR (MRT-PCR) technique. Patient demographics, the month/season of hospital visits, and results of the respiratory agent tests were obtained from hospital archives and subjected to necessary statistical analyses. Chi-square and One-way ANOVA tests were used to analyse categorical and numerical data, respectively by SPSS v21.0.

Results: The data showed that 37.7% of the patients tested positive for at least one pathogen, while 62.3% were negative. The most frequently detected viral agents were Influenza B (34.3%), Influenza A (15.7%), and SARS-CoV-2 (14.4%). Streptococcus pyogenes was the most common bacterial pathogen (9.3%). Co-infection was observed in 9.14% of cases, with the most common combination being INF-B and INF-A. The seasonal distribution indicated that 40.3% of the positive cases occurred in the winter months (December 2023 - February 2024), and 39.1% in the spring (March - May 2024).

Conclusion: This retrospective study provides important epidemiological data on the identification and distribution of URTI pathogens in the region, contributing to the development of accurate approaches for diagnosis and treatment of infections.

Keywords: SARS-CoV-2, multiplex PCR, viral-bacterial infection, respiratory tract infection                      

Kafkas Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine Başvuran Hastalarda Solunum Yolu Patojenlerinin Sıklığının Retrospektif Olarak Değerlendirilmesi

Öz

Amaç: Bu retrospektif çalışmada, Temmuz 2023-Ağustos 2024 tarihleri arasında Kafkas Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran hastalarda üst solunum yolu enfeksiyonu (ÜSYE) patojenlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.

Yöntemler: Multiplex Real-Time PCR (MRT-PCR) tekniği kullanılarak 1565 hastadan alınan nazofarengeal sürüntü örnekleri analiz edilmiştir. Hastaların demografik bilgileri, hastaneye başvurdukları ay/mevsim ve solunum ajanı testlerinin sonuçları hastane arşivlerinden elde edilmiş ve gerekli istatistiksel analizlere tabi tutulmuştur. Kategorik ve numerik verileri analiz etmek için SPSS v21.0 ile sırasıyla Ki-kare ve Tek yönlü ANOVA testleri kullanılmıştır.

Bulgular: Hastaların %37,7'sinde en az bir patojen saptanmış, %62,3'ünde negatif sonuç elde edilmiştir. En sık tespit edilen viral ajanlar İnfluenza B (%34,3), İnfluenza A (%15,7) ve SARS-CoV-2 (%14,4) olmuştur. Streptococcus pyogenes en yaygın bakteriyel patojen olarak bulunmuştur (%9,3). Ko-enfeksiyon oranı %9,14 olarak belirlenmiş ve en sık ko-enfeksiyon INF-B ve INF-A kombinasyonu olmuştur. Mevsimsel dağılıma göre, pozitif vakaların %40,3'ü kış aylarında (Aralık 2023-Şubat 2024) ve %39,1'i ilkbahar aylarında (Mart-Mayıs 2024) görülmüştür.

Sonuç: Bu retrospektif çalışma, bölgedeki ÜSYE patojenlerinin tanımlanması ve dağılımı hakkında önemli epidemiyolojik veriler sağlayarak enfeksiyonların tanı ve tedavisi için doğru yaklaşımların geliştirilmesine katkıda bulunmaktadır.

Anahtar kelimeler: SARS-CoV-2, multipleks PCR, viral-bakteriyel enfeksiyon, solunum yolu enfeksiyonu.                 

Dicle Med J  2024; 51 (4): 539-546

Doi: 10.5798/dicletip.1608112